Em setembro de 2005, as atividades de ensino, pesquisa e extensão do antigo Departamento de Ciências Fisiológicas (DCF) tiveram seu reconhecimento e consolidação através da aprovação pela CAPES do curso de Doutorado em Ciências Fisiológicas: Fisiologia Animal Comparada, constituindo assim o Programa de Pós-Graduação em Ciências Fisiológicas: Fisiologia Animal Comparada. A partir daquele momento, o DCF passou a oferecer não só o curso de mestrado, aprovado em dezembro de 1999 e implementado em março de 2000, mas também um curso de doutorado, aprovado em setembro de 2005 e implementado em março de 2006. Salienta-se ainda que, nos anos 90, o DCF ofereceu o curso de especialização em Práticas em Ciências Fisiológicas. Apesar do ambiente da pesquisa e do ensino de pós-graduação encontrar-se consolidado no âmbito do antigo DCF, e da contribuição significativa deste Departamento no ensino de graduação para os cursos de Ciências Biológicas – Licenciatura, Ciências Biológicas – Bacharelado, Medicina, Enfermagem, Oceanologia, Física Médica, Educação Física e Psicologia, este Departamento, sentia a necessidade de implantação e consolidação de um curso em nível de graduação que pudesse se beneficiar de suas infra-estruturas de ensino e pesquisa instaladas, bem como das atividades desenvolvidas pelo grupo de docentes lotados nesta Unidade.


Destaca-se ainda que, dentre as 4 linhas de pesquisa do Programa de Pós-Graduação em Ciências Fisiológicas – Fisiologia Animal Comparada consolidadas e cadastradas junto à CAPES, aquela intitulada "Efeitos fisiológicos de poluentes e das radiações" desenvolve atividades e pesquisas relacionadas com o estudo do potencial toxicológico de uma variedade de contaminantes ambientais, tais como compostos nitrogenados, metais, pesticidas, hidrocarbonetos e toxinas naturais, bem como das radiações ionizantes e não-ionizantes. Além disso, nesta linha de pesquisa que inicialmente congregava dois docentes detentores de bolsa de produtividade em pesquisa do CNPq na área de Toxicologia Ambiental, encontra-se a maior produção científica do programa.


Este histórico evidenciava o enorme potencial do antigo Departamento de Ciências Fisiológicas e do Programa de Pós-Graduação em Ciências Fisiológicas: Fisiologia Animal Comparada para proposição de um curso superior de TECNOLOGIA EM TOXICOLOGIA voltado para os aspectos ambientais.


Em 2007 com a elaboração do Projeto da FURG no âmbito do Programa de Apoio a Planos de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais – REUNI, o então Departamento de Ciências Fisiológicas, em parceria com a Comissão de Curso de Pós-Graduação em Ciências Fisiológicas – Fisiologia Animal Comparada, elaborou uma proposta inicial de implantação de um Curso Superior de Tecnologia em Toxicologia, a qual foi aprovada pelo CONSUN e pelo Ministério da Educação. Cabe ressaltar que, por determinação da SETEC, o nome inicialmente proposto para o curso foi alterado para TECNOLOGIA EM TOXICOLOGIA AMBIENTAL.


Durante o ano de 2008 com a mudança da Estrutura da FURG, o Departamento de Ciências Fisiológicas e o Departamento de Ciências Morfobiológicas propuseram a criação do Instituto de Ciências Biológicas aprovado pelo CONSUN em 15 de agosto de 2008, que hoje é a Unidade responsável pelo oferecimento do curso de Tecnologia em Toxicologia Ambiental.


A primeira turma iniciou o curso no primeiro semestre de 2009, sendo que os primeiros Tecnológos em Toxicologia Ambiental do Brasil se formaram no primeiro semestre de 2011. Neste mesmo ano de 2011, a partir de reuniões realizadas ao longo dos anos iniciais com os diferentes segmentos do curso, uma nova estrutura curricular foi aprovada, sendo aplicada para os ingressantes a partir do primeiro semestre de 2012.